Civita, auch bekannt als die sterbende Stadt, war der Geburtsort des Heiligen Bonaventura, eines bedeutenden Theologen und des ersten Biographen des Heiligen Franz von Assisi.
Vor mehr als zwei Jahrtausenden von den Etruskern gegründet, wurde sie von den Römern in Balneum Regis umbenannt, woraus sich wahrscheinlich der Name ableitete, den sie bis 1922 trug, nämlich Bagnarea.
Am Ende der langen gotischen Herrschaft gelang es ihr 1150, sich als freie Gemeinde unter der Aufsicht des Kirchenstaates zu etablieren, was die Familie Monaldeschi, die Grafen von Bagnoregio, veranlasste, nach Celleno umzuziehen, und ihr mindestens zwei Jahrhunderte relativer Unabhängigkeit sicherte.
Später, während des Kampfes zwischen Papsttum und Kaiserreich, musste auch Bagnoregio schließlich Partei ergreifen und entschied sich für das guelfische Orvieto und gegen das ghibellinische Viterbo.
Im Jahr 1303 kehrte ein anderer Monaldeschi, diesmal Ugolino, zurück, um Bagnoregio als Podestà zu leiten. Fast zwei Jahrhunderte lang konnte sich die Familie trotz wechselnder Schicksalsschläge (Seuchen, Kriege und Hungersnöte, ja sogar einer Heuschreckeninvasion) an der Macht halten, bis die Bevölkerung von Civita die Herrschaft nicht länger ertrug, 1458 rebellierte und die Cervara-Burg, die Hochburg der Familie, zerstörte.
Von da an wurde die Stadt von Kardinal-Gouverneuren regiert, die trotz anfänglichen Durcheinanders, eine Zeit des Friedens und der Stabilität garantierten.
Im Jahr 1695 war es nicht der Mensch, sondern die Natur, die ein grundlegendes Kapitel in der Geschichte von Bagnoregio schrieb. Ein verheerendes Erdbeben trennte Civita von den beiden anderen Stadtteilen, Mercato (heute Mercatello) und Rota (der Kern des heutigen Bagnoregio).
Von diesem Moment an und für weitere einhundertfünfzig Jahre verschmolzen die Geschehnisse von Bagnoregio mit denen des Kirchenstaates.
Um eine eigenständige Seite im großen Buch der Geschichte zu erhalten, musste das Dorf bis zum Risorgimento warten. Am 5. Oktober 1867, zeitgleich mit der Schlacht von Mentana, standen sich in der Nähe von Poggio Scio päpstliche Soldaten und Garibaldiner gegenüber, mit demselben tragischen Ergebnis: Die päpstlichen Truppen zwangen die Rothemden, Viterbo und die gesamte Tuscia aufzugeben.
Von diesem Moment teilt Bagnoregio die Geschichte der gesamten Region, vom Schmerz des Ersten Weltkriegs über die Zeit des Faschismus bis hin zur Tragödie der deutschen Besatzung.
Seit Jahren steht es auf der Liste der schönsten Dörfer Italiens und im Jahr 2021 wurde Civita di Bagnoregio von Italien in die Vorschlagsliste für die Aufnahme in das UNESCO-Weltkulturerbe aufgenommen.

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